Sistem pengoperasian UF berjalan secara automatic dengan durasi selama 1 – 2 jam operasi. Kemudian interval dari durasi operasi UF dilakukan tahapan backwash secara automaticdengan durasi 30 detik. Operasi UF selama 1 hari akan bekerja produksi dalam waktu 23 jam maksimum, 1 jam dalam sehari untuk waktu backwashUF 36 menit per hari dan sand filter 30 menit perhari.
Berikut gambaran flow diagram mode operasi pada ultrafiltration :